Para Miguel Asín Palacios (3) el topónimo es de origen árabe y significa «el desfiladero», un nombre muy adecuado para un lugar situado donde el desfiladero del río Valzarzo desemboca en el del Vadillo.

El topónimo árabe, la ubicación y la abundancia de restos islámicos defensivos en una comarca que estuvo bajo esa influencia musulmana durante siglos, hace que inevitablemente pensemos que el origen del poblado y de la fortaleza corresponda a esa cultura, una hipótesis compartida por Ángel Lorenzo Celorrio (4) para quien el origen del conjunto fortificado es la atalaya o torre circular que parcialmente arruinada permanece y que considera obra musulmana del siglo X, a la que unos quinientos años más tarde se añadió el caserón anexo.

Sin embargo el lugar es sin duda antiguo y mucho más notable pues para Benito Gaya Nuño (5), este Castillo de Almadeque es el mismo lugar llamado Fash Albaracat en la obra de Ibn Hayyan Anales palatinos del califa de Córdoba Al-Hakam II, y que sería aquel mítico lugar de la historia de Soria en el que el conde Garcí Fernández derrotó a las tropas islámicas en el año 974, causando la muerte del gran walí Mahde Ibn Timlet.

Otros investigadores no comparten esa posibilidad y sitúan aquella legendaria batalla en la zona del Araviana, y aunque no cabe duda de la gran antigüedad del origen de Almadeque, documentalmente no surge hasta mediados del siglo XIV. Según fr. Toribio Minguella y Arnedo (6) en 1353 se da fe de su existencia junto con Judes y Chaorna bajo la forma «exudes e de echa forma e de almandaque», en una relación de iglesias que había en la diócesis de Sigüenza, perteneciendo la de Almadeque al arciprestazgo de Medinaceli.

Posteriormente y según Juan Luis Pérez Arribas (7), volvemos a documentar Almadeque en el censo de población del Ducado de Medinaceli de 1488, cuando disponía de dos vecinos, pero no volvemos a tener noticias en posteriores censos hasta mediados del XVIII cuando se confecciona el Catastro de la Ensenada. En este caso no hemos podido consultar el documento original que sí debe existir pues se documenta como un “caserío del Castillo de Almadeque” que se cita en las respuestas de Sagides al nombrarlo como referencia geográfica norte. Sí ha podido estudiarlo María del Carmen Pérez de Guinea (8) que lo describe como una aldea de la jurisdicción de la villa de Medinaceli, del Señorío de don Juan José Salazar y Morales. Había entonces un residente colono, tres labradores y un criado, y como único edificio cita un castillo.

Un siglo después Pascual Madoz (9) lo recogía con el siguiente texto:

«cast.  granja de la provincia de Soria, partido Jud. de Medinaceli, término Jurisd.  de Sagides: se halla bastante bien conservado y le habita un vecino dedicado al cultivo de varias tierras de labor que hay inmediatas, las cuales asi como el cast., pertenecen al marqués de Someruelos».

Manuel Blasco Jiménez no lo incluye y ni siquiera lo nombra en sus Nomenclátor de 1880 y de 1909 lo que nos hace pensar ya en su despoblación, sin embargo en ese periodo consta su población con más de un vecino pues el Nomenclátor de la diócesis de Sigüenza (10) lo incluye como un anexo de Sagides que tiene varios vecinos que viven de la tierra.

Es la última referencia documentada a una población estable y aunque hay algunas noticias confusas en cuanto una posible presencia de colonos a mediados del siglo XX, no se ha podido probar que alguien habitase este conjunto que, según Alberto Manrique, fue de los Águila, una noble familia de Medinaceli. Posteriormente pasó a propiedad de los marqueses de Someruelos y después al marquesado de Casablanca, propietarios también de uno de los más destacados palacios de Medinaceli y a quienes no hace muchos años seguía perteneciendo.