Para Eleuterio Carracedo Arroyo (1) el nombre procedería del latín Bonnicis (bueno). José Antonio Pérez-Rioja (2) citando a Pancracio Celdrán, cree que deriva del latín bovinica y que significa excremento del ganado vacuno.
José Antonio García Luján (3) recuerda que en abril de 1158, doña Sancha, esposa de Miguel Muñoz de Finojosa, entregó a su hijo Martín al monasterio de Santa María de Cántavos (4) y al abad Blas para que sirviera a Dios según la regla de San Benito y de la orden del Císter, y con motivo de este ingreso de su hijo a la vida religiosa, donó al citado monasterio y al abad la aldea de Boñices con su término.
Diez años después, el 28 de abril de 1168, y según Juan Loperráez y Corvalán (5), el obispo de Osma don Juan que mantenía una buena amistad con el entonces abad de Santa María de Huerta, Martín de Finojosa, le hizo donación de sus derechos episcopales en Boñices, autorizándoles a construir una iglesia parroquial regentada por los monjes, previa aprobación por parte del obispado, con la única condición de que no pudiese establecer allí abadía ni priorato sin su consentimiento. A cambio de la donación los de Huerta pagarían anualmente el día de Todos los Santos, 1 de noviembre, la cantidad de un maravedí con destino al refectorio de la Catedral.
Pero aquella donación de Boñices al monasterio se revirtió no muchos años después y la aldea regresó a manos de la familia Finojosa. La noticia la sabemos gracias a Loperráez (6), quien dice que según una lauda sepulcral que había al pie de la tumba de Rodrigo Jiménez de Rada en Santa María de Huerta, algunas poblaciones sorianas como Bliecos, Boñices, Alentisque y Taroda que eran propiedad de Martín de Finojosa, pasaron después a su sobrino, el historiador y arzobispo de Toledo Rodrigo Jiménez de Rada, quien en 1223 pidió ser enterrado en el monasterio de Huerta, donándole esas poblaciones sorianas con sus palacios.
Posteriormente pasó a pertenecer a la Tierra de Soria como integrante del Sexmo de Lubia, aunque aparece documentado con Castil de Tierra como una única unidad poblacional.
El Censo de vecinos pecheros de 1528 documenta la existencia de Boñizes pero no ofrece cifras, lo que indicaría un error o quizá una despoblación temporal pues tampoco ofrece datos de Castil de Tierra que ya aparece como un poblado independiente de Boñices.
El Catastro de la Ensenada, redactado en Boñizes el 19 de octubre de 1751, describe la población como un lugar de realengo de la jurisdicción de la ciudad de Soria habitado entonces por siete vecinos, los siete labradores, que explotaban insuficientemente los recursos del pueblo, pues dice el texto que la tierra y los pastos podrían ser mucho más productivos si se gestionaran mejor. En cualquier caso, había fincas de secano, prados, dehesa, y fincas de regadío con acequias, pasto y unos pocos sauces silvestres. La agricultura les surtía de trigo, cebada, avena, berza y hierba. Disponía de ganado ovino que les proporcionaba carne y lana además de otras reses «… veinte y dos cavezas de Ganado Bacuno, Diez y nueve de Yeguno, onze Jumentos y Jumentas y catorze de Ganados de Zerda». Boñices contaba entonces con siete casas habitables, un granero y un horno para cocer el pan.
Casi un siglo después Madoz (7) ofrece la siguiente información en la que no parece haber cambiado mucho la situación:
« ald. Con ayuntamiento Compuesto de veciudad De la misma y la de Nomparedes, en la provincia Y partido Jud. De Soria ( 5 leg.), aud. Terr. Y ciudad g. de Burgos ( 1 6 ) , dióc de Sigüenza ( 8 ) : srr. En llano con libre ventilación y despejado horizonte; su CLIMA es sano y no se conocen enfermedades especiales: tiene 7 CASAS escuela de instrucción primaria concurrida por 10 alumnos y Una iglesia Parr. (San Benito): confina el término N. Villanueva; E. Nomparedes ; S. Tejado, y O. Sauquillo: el TERRENO es de buena calidad y le fertiliza el r. llamado Tuerto; sus CAMINOS son locales, de herradura y en mediano estado; recibe y despacha el CORREO por la adm. De Soria á donde va á buscarlo un balijero. PROD. : trigo y cebada, cria ganado lanar y las caballerías necesarias para la agricultura, PORI,.: 7 v e c , 30 almas».
Los datos que ofrece Madoz fueron, en muchos casos, la fuente de información principal que empleó Benito Pérez Galdós para documentarse al redactar sus obras, aunque parece que no fue el caso de la novela El caballero encantado (1909) que se desarrolla en varios pueblos de la provincia de Soria que no quedan muy bien parados. De Boñices, el escritor canario ofrece opiniones controvertidas «… se llama Boñices, que a poco que se resbale la lengua la llamaríamos Boñigas: tal es su insignificancia y humildad. Los niños descalzos y andrajosos, las mujeres escuálidas y con ropa remendada… desdichadas personas», o directamente inexactitudes pues describe a Boñices rodeado de agua estancada que produce enfermedad, algo que es lo contrario de lo que escribió Madoz, o incluso dice que recibe el agua de la Sierra de Frentes.
Es posible que a Galdós el nombre del pueblo le pareciese curioso y lo emplease a su libre criterio pues el Boñices real se encuentra en el Campo de Gómara y el de la novela no. Además, y por el hilo argumental, parece que debería estar cerca de la escena anterior, en Calatañazor. Sin embargo y pese a estas críticas, el lector no puede dejar de sentir cierta simpatía por la humildad y bondad de las gentes de este ficticio Boñices.