El topónimo puede hacer alusión a la abundante presencia de conejos, pero también se llama así a la zona donde los hubo y sólo quedan las conejeras vacías de estos animales.

Ángel Lorenzo Celorrio (1) supone que por sus características geográficas y estratégicas, en Conejares bien pudo haber existido algún tipo de construcción militar antigua, quizá un castro o una atalaya medieval, pues el lugar es un observatorio desde donde se contempla una amplia extensión de terreno que abarca desde el pueblo de Muro con su castillo, toda la zona de la antigua laguna de Añavieja hasta la Sierra del Madero, y la zona de Trébago hasta Tierras Altas.

La anterior pudo ser su razón de ser, y pudo mantenerla por la cercanía de Conejares a las vías de transporte terrestre importantes  en el pasado convirtiéndole en una referencia geográfica destacada pues por allí, a menos de dos kilómetros al sur, discurría la calzada romana XXVII del Itinerario de Antonino que unía Astúrica (Astorga) con Caesaraugusta (Zaragoza) por Numancia, y más tarde se convirtió en paso obligado del Camino Real de Madrid a Pamplona en el tramo Hinojosa del Campo-Ágreda, según indican los mapas más antiguos como el de Tomás López de 1783 o el provincial de Gaspar y Roig de 1852. Sin embargo el mapa de Coello (1860) ya muestra una variación del camino que se desvía más hacia el norte bordeando la laguna de Añavieja y dirigiéndose a Matalebreras, abandonando ese Camino Real en pos del que es hoy la actual carretera nacional 122 y que dio definitivamente la espalda a Conejares, una circunstancia que también influiría en su definitiva despoblación.

Perteneció a la Comunidad de Villa y Tierra de Ágreda.

La primera referencia documental localizada la ofrece Máximo Diago Hernando (2) quien dice que el 17 de junio de 1291 se firmó una tregua entre los concejos de Ágreda y Tarazona, castellano y aragonés respectivamente, y una concordia entre ambos municipios en la que se comprometían a guardarse mutuamente en personas y cosas, y a poder perseguir a los ladrones de unos términos a otros. Manuel Peña García (3) dice que gracias a este documento es posible conocer las veintiuna aldeas que componían el Concejo de Ágreda, entre ellas Conejares.

Agustín Rubio Semper (4) recuerda en su trabajo el protocolo número 57 que trata sobre la renuncia de los propietarios de una propiedad en dicho lugar de Conejares, lo que se fecha en 1339.

Entre 1428 y 1430, el primer marqués de Santillana don Íñigo López de Mendoza, recorrió estas tierras como capitán frontero de las tropas castellanas y, entre batalla y combate, le dio tiempo a escribir sus Serranillas del Moncayo parcialmente inspiradas en el paisaje que le rodeaba. La Serranilla II, que se desarrolla en Beratón y Conejares, ice: «Partiendo de Conejares, / allá susso en la montaña…«.

A finales del siglo XV, Máximo Diago Hernando (5) refiere que los habitantes de Conejares no aparecen citados en las actas de la reuniones de la Universidad de la Tierra de Ágreda, pero no por que estuviera deshabitado sino porque sus vecinos decidieron desvincularse del Concejo de la Villa y Tierra y pasaron a establecer una relación más estrecha con el señor del término, el agredeño Diego Ruiz, que en 1509 llegó a construir una torre, derribó la vieja iglesia y construyó otra nueva sin dar parte al cabildo agredeño. No sabemos cómo paso el término a depender en señorío de un señor pero el mismo Diago Hernando (6) lo incluyó en la relación de términos de despoblados de la Tierra de Ágreda que fueron ocupados por concejos o personas particulares. De éste dice que fue coto redondo del fiscal doctor Fernán Gomes de Ágreda y de su hijo Diego Ruiz de Ágreda, el que hizo destruir la primitiva iglesia del lugar para construir una nueva.

En 1528 Conejares seguía perteneciendo a Fernán Gómez de Ágreda y a su hijo Diego Ruiz que lo consideraban como término redondo suyo e impedían que pastaran los ganados de la Tierra, pero como en tantos casos similares, esa propiedad estaba en entredicho por el concejo de la Villa y Tierra de Ágreda que pleiteó contra esos señores.

El Catastro de la Ensenada, confeccionado con las respuestas dadas por el alcalde del lugar el 2 de marzo de 1752, recuerda que su tierra se destinaba a cultivos de secano como el trigo “centenoso”, centeno, cebada o avena, aunque también dispondrían de pastos pues tenían ganado lanar churro y vacuno, así como doce yeguas y trece bueyes que serían los animales de tiro. Decía no haber árboles, ni frutícolas ni silvestres, y tampoco tenían colmenas. En esos momentos había tres vecinos (18-20 habitantes), todos ellos labradores, no había jornaleros, ni pobres, pero sí cuatro casas, y de ellas tres habitables.

Su parroquia dependía, en ocasiones de la parroquia de Ólvega, y en otras de la de Matalebreras, lo que corrobora el censo de Aranda (1768) que dedica la parroquia a la advocación de Nuestra Señora de las Nieves, momento en el que el pueblo llegó a tener posiblemente su cifra más elevada de habitantes, 33, muchos más de los que tenía en tiempos del censo de Floridablanca (1787) cuando sólo contaba con 18.

Sebastián Miñano y Bedoya (7) lo cita como poblado por cuatro vecinos y veinte habitantes.

A mediados del siglo XIX Pascual Madoz (8) ofrece algunos datos demográficos y estadísticos del lugar:

«Granja en la provincia de Soria, partido judicial de Agreda, término jurisd. de Castil-Ruiz SIT. al pie de una colina con libre ventilación y CLIMA frío, sus enfermedades mas comunes son fiebres intermitentes tiene 5 CASAS y una pequeña iglesia (Ntra. Sra. de las Nieves) en la que un eclesiástico pagado por el marqués de Alcántara, á quien corresponde dicha granja, dice misa los dias festivos: su término confina con los de Agreda, Añavieja, Matalebreras y Muro: el TERRENO es de mediana calidad, CAMINOS los que dirigen á los pueblos limítrofes y la carretera de Madrid á Navarra: reciben y despachan el CORREO por la estafeta de Agreda, PROD.  trigo, centeno, cebada, avena y algunas legumbres, POBL: 5 vec. 20 almas. CAP. IMP».

La relación de municipios y lugares de la provincia de Soria y población de 1858, recogida por Carmelo Romero Salvador, Carmelo García Encabo y Margarita Caballero Domínguez (9), lo califica como una población con rango de “lugar” del término municipal de Muro, habitado entonces por veintiocho personas.

Manuel Peña García (10) recuerda que en 1868 se le sigue considerando como poblado y en lo parroquial anejo a la iglesia de La Aldehuela de Ágreda.

Manuel Blasco Jiménez (11) hizo un corta y pega de su propio trabajo en 1880, donde ofrece la novedad de que está habitado por cinco vecinos, en los dos casos, y que el lugar seguía siendo propiedad del marqués de Alcántara.

Esteban Valtueña Jiménez (12) ofrece como último censo con habitantes el de 1920 con 14 personas censadas.

En Muro se recuerda de una forma imprecisa que se despobló antes de la Guerra Civil pero sin indicar razones, aunque se recuerda que sus habitantes fueron a parar a varios pueblos de la zona.

Sin embargo otros vecinos consideran que más que pueblo, Conejares fue una granja o asentamiento de ganaderos que estuvo habitado hasta unos años antes de la Guerra Civil, hasta 1930 puntualiza alguno.

En febrero de 2008 Conejares se hizo famoso por un día pero con repercusión mundial. Los propietarios anunciaron su venta en el portal de Internet http://www.pueblosabandonados.es/  especializado en este tipo de operaciones. Entonces estaba formado por tres casas parcialmente arruinadas, una iglesia en parecidas condiciones y un corral, seis mil metros cuadrados en total, todo por 48.000 euros, pero sin agua corriente ni electricidad.

La noticia tuvo repercusión en todo el mundo como la nota curiosa de la jornada, tanta que sus propietarios decidieron retirar la subasta tras haber recibido ofertas de todas partes. Hasta el Ayuntamiento de Ólvega, a cuyo término pertenece, recibió un aluvión de llamadas de todas partes pidiendo información, y en el foro del portal de ventas los usuarios seguían ideando propuestas y proyectos cooperativistas para irse allí a vivir.

A raíz de este anuncio, una familia de Muro, los Calvo Calvo manifestaron que parte de los edificios que salieron a la venta eran de su propiedad. Argumentaron que un grupo de colonos compró en el año 1933 al marqués de Villarías -el propietario de todos los terrenos- el pueblo de Conejares que entonces estaba formado por trescientas o cuatrocientas parcelas dedicadas al cultivo del cereal, y que por herencia, estas parcelas en las que se incluyen dos parajes pasaron a propiedad de esta familia. Seguían argumentando a su favor que en 1998 se realizó la concentración parcelaria de la zona y que se debió producir entonces el cambio de titularidad del terreno, si bien ellos no fueron informados y creen que los edificios quedaron al margen del proceso.

Al final nadie marchó a vivir a Conejares y todos aquellos quiméricos proyectos que pretendían constituir allí sociedades utópicas de artesanos en contacto con la Naturaleza (la mayoría eran ideas de ese tipo o más descabelladas) no pasaron ni siquiera al papel.