El caserío toma el nombre del cerrete denominado Peñas Altas, última elevación en el extremo oriental de la pequeña sierra del Cerro Lomero, de unos 4 km de longitud, ubicada al sur de El Burgo de Osma entre los ríos Abión, Ucero y Sequillo.

La primera referencia que tenemos del lugar, aunque no lo cita expresamente por su nombre, nos la ofrece Pascual Madoz (1) cuando afirma que en el término de Lodares (de Osma) “se encuentran varios corrales de cerrar ganado, y una ermita (San Miguel), con un cas (erío) a sus inmediaciones”.

Por su parte Manuel Blasco en su Nomenclátor de 1880 (2), dentro de la ficha de Lodares de Osma, dice que “Hacia el comedio de la posesión aquella (se refiere a las mejoras implantadas, según este mismo autor, en la vega del río Sequillo en 1853 por Pablo del Amo, hijo de El Burgo y abad de la Colegiata de Soria), que lleva el nombre de Peñas Altas y en donde con rigor hablando está la verdadera huerta, hay una pequeña ermita (S. Miguel) con casa para el santero, una y otra construidas en piedra. Su festividad se celebra en septiembre y a ella concurren en romería muchas personas de los pueblos inmediatos, con especialidad de El Burgo”. No obstante, en la misma obra el autor tiene una escueta entrada exclusiva para Peñas Altas en la que dice que es un “caserío dentro de la jurisdicción de Lodares de Osma con frutales y viñedo”.

Este mismo autor, en su nomenclátor de 1909 (3), prácticamente repite los textos de 1880 tanto en la ficha de Lodares de Osma como en la propia de Peñas Altas.

Por su parte Gonzalo Martínez Díez (4) considera Peñas Altas como caserío de Lodares “del que no consta fuera anteriormente un pueblo” aunque el autor lo ubica en el plano que adjunta de la Comunidad de Villa y Tierra de Osma con el símbolo de “despoblado”.

La ermita de San Miguel en Peñas Altas viene recogida como tal, sin aportar ningún otro dato, en el “Censo de ermitas de Soria” (5).

Según José Vicente Frías Balsa (6) en este lugar “hubo un edificio exclusivo destinado a ermita que, sin que sepamos cuando, fue derruido. Acaso por ello la imagen de su titular (San Miguel) se colocó en los bajos de la casa”, un edificio que junto con algunas otras construcciones, formó una unidad que perteneció a la Iglesia o alguna de sus instituciones, pues dice el investigador que fue desamortizada pasando a una familia burgense emparentada con Manuel Ruiz Zorrilla (7) y que “escondería en esta finca a algunos de los conspiradores contra Isabel II”.

Respecto a los orígenes de Peñas Altas, Frías Balsa dice que fue el 3 de abril de 1703 cuando Juan Morán, canónigo de la catedral de Santa María de Osma, hizo donación a las imágenes de Nuestra Señora del Espino, de la precitada catedral, y a la de Nuestra Señora del Pozo, del lugar de Lodares, «del colmenar, huerta y casas que dicho señor otorgante ha fabricado en término de dicho lugar, do dicen Peñas Altas, con todos los vasos llenos y vacíos que hay en dicho colmenar y las demás pertenencias a él y a dichas casas y huerta tocantes». Asimismo, recuerda que hizo donación de toda la heredad que allí tenía «excepto la heredad que compró para la ermita de San Miguel, que también ha fabricado en dicho sitio, porque dicha heredad con dicha ermita ha de quedar y queda para la Concejo del dicho lugar de Lodares, como adelante irá declarado».

No obstante lo anteriormente expuesto, hay que señalar que este dato de las casas “fabricadas” que según el texto ya existían en 1703, no concuerda con la respuesta a la pregunta 21 del Catastro del Marqués de la Ensenada (1752) alusiva al número de vecinos que compone la población principal (en este caso de Lodares) y al de las casas de campo o alquerías, ya que la respuesta fue: “Dijeron se compone este Lugar de veinte y ocho vecinos, cuatro habitantes y una viuda, siendo los tres del estado noble y los demás de el Estado General sin haber alguno en Casas de Campo ni alquerías”.

El artículo de Frías Balsa del que hemos tomado estos datos se titula “Los vecinos de Lodares celebran San Miguel el tramposo” y justifica el apellido en el hecho de que “en mayo los labradores se veían precisados a pedir prestado a pósitos píos, arcas de misericordia y alhóndigas para sembrar sus campos. En septiembre, una vez recogida la cosecha, se hallaban, ya, en disposición de devolver los granos prestados”.