Miguel Asín Palacios (2) cree que el topónimo «Aldea» proviene del árabe (ad-day´a) y lo traduce como «la granja», aunque también es probable que el origen del poblado sea posterior y que la propia palabra «Aldea», ya castellanizada, indique una pequeña comunidad rural.

Francisco García Berlanga (3) no duda en afirmar que el topónimo «aldea» es de origen vascuence en contra de las tesis oficiales que lo hacen derivar del árabe, pues según este autor, es muy raro que el topónimo no exista en regiones como la andaluza de tanta presencia musulmana. La forma en diminutivo despectivo denotaría una escasa población o una reducida extensión del caserío.

Para Eleuterio Carracedo Arroyo (4) se trata de un antropónimo relacionado con el nombre o apodo de la persona que repobló el lugar.

Aparece citado como Aldea del ruvio en el censo de 1270 y como Aldea del Rubio do Pedraias en el de 1352, poblado y habitado por 1 vecino y tres moradores que diezmaban a la parroquia soriana de la Virgen del Mirón. Tras esas referencias no hay más noticias hasta el siglo XV pero ya aludiendo a su condición de despoblado.

Máximo Diago Hernando (5) (6) lo pone como ejemplo característico de uno más de los muchos términos de la Tierra de Soria que acabó derraygado (despoblado), condición que permitía a los vecinos de Villa y Tierra disfrutar de sus recursos naturales, pero que solían ser ocupados de forma ilegal y convertidos en coto redondo por algún miembro de la nobleza soriana, que de esta forma explotaba los recursos del antiguo despoblado sin compartirlo con el resto de vecinos de Soria y su Tierra. En este caso, y a mediados del siglo XV, el usurpador fue don Rodrigo de Vera, un poderoso soriano que fue aposentador del rey castellano Juan II que eximió un pedazo de la Tierra de Soria, Hinojosa de la Sierra, para dársela en señorío, lo que originó un gran malestar a las autoridades sorianas que se oponían a que se segregase parte de su territorio. Don Rodrigo también ostentó los cargos de señor de Hinojosa de la Sierra, La Tenna y Casa del Molino, y Torretartajo, adueñándose también de La Verguilla y de La Aldehuela del Rubio. En su testamento y pese a no tener derecho sobre La Aldehuela, la cedió a su sobrino Diego de Vera; de este modo su propiedad fue pasando de mano en mano y en la primera mitad del siglo XVI, La Aldehuela del Rubio fue comprada por Pedro de Santa Cruz, que ejercía como camarero de la emperatriz Isabel.

Díez y Galán (7) recuerdan que la ciudad de Soria reclamó La Aldehuela, probablemente desde el principio, y que al recaer en estas últimas manos el problema se enredaría aún más, pues los Santa Cruz también eran gente muy poderosa que desempeñaban cargos de regidores en el concejo de Soria o en el Cabildo de San Pedro. Pese a todo la Ciudad y Tierra siguieron insistiendo en que como lugar derraygado sus aprovechamientos les correspondían a sus vecinos, no a un usurpador que no podía cederlo ni venderlo. En 1554 y aprovechando la muerte del por entonces señor del lugar Pedro de Santa Cruz, Ciudad y Tierra pleitearon contra su hijo y heredero, y aunque no se conocen los detalles, se supone que los Santa Cruz ganarían ese juicio pues siguió perteneciendo a su familia.

En 1752 el Catastro del Marqués de la Ensenada recoge “La aldeguela del Rubío” como un despoblado de realengo de la jurisdicción de la ciudad de Soria propiedad de don José Antonio de San Clemente y Gaytán, vecino de Soria, que dedicaba sus tierras a cultivo de trigo y centeno, además de diez colmenas, dehesas para pastos de corderos, cerdos y vacas, y de los animales de labor propios, pero también había tierras yermas. Consta ya la existencia del molino harinero antes mencionado, una majada y una casa en la que residía León Tejero, “vecino y molinero en este lugar despoblado”, aunque en una respuesta posterior añade que había allí “dos labradores”.

También se hace constar en el catastro que “…hay una barca sobre el río Duero propia de dicho Joseph Antonio de Sanclemente, vecino de Soria, que solo sirve para pasar el trigo a el molino”.

En el Diccionario de Pascual Madoz (8), que lo denomina Aldihuela del Rubio, se apunta que “Se conservan aun las ruinas de una igl., y hay un molino harinero propio del Sr. marqués de Montesa, dueño de aquel desp.” 

Este molino harinero parece ser que hizo también las veces de vivienda, pues el censo de población de 1933 lo describe como un único edificio de dos plantas donde se molía y en el que también residían tres personas. Bruno Orden, natural de Pedrajas y nacido en 1922, aproximó el abandono del edificio a un momento indeterminado de mediados del siglo XX, en todo caso antes de 1969, fecha en que las aguas del embalse del Campillo de Buitrago inundaron definitivamente el molino.