Miguel Asín Palacios (3) considera el topónimo de origen árabe con el significado de «las posadas», aunque también cree que podría traducirse como “monasterio” o “lugar sagrado”. Para Eleuterio Carracedo Arroyo (4), significa «el monasterio». 

Por su parte Manuel Retuerce y Fernando Cobos (5) ofrecen en un estudio un mapa en el que recogen en el lugar la existencia de una iglesia prerrománica, una hipótesis plausible pues en pueblos de los alrededores conocemos yacimientos celtíberos y romanos, como así nos lo indica Marísa Revilla en su Carta Arqueológica (6) de la Tierra de Almazán.

Perteneció a la Comunidad de Villa y Tierra de Almazán y fue documentado por fr. Toribio Minguella y Arnedo (7) hacia 1353 en la relación de parroquias de la diócesis segontina, arciprestazgo de Almazán, como “nepas” y un agregado “almonecir”, cada uno con su propia iglesia.

Según explica Pascual Madoz (8) en su Diccionario de 1850, en función de “lo que se deduce de algunas cartas de venta y escrituras”, Almonacid quedó despoblado hacia el año 1500, sin saber el momento en que volvió a estar habitado, pues el Censo de población pechera de 1594 documenta junto a Nepas un lugar llamado Almonacyr, aunque en este caso sólo ofrece el nombre de los dos lugares pero no cifras de habitantes. Afortunadamente sí se recogen en el censo de 1591 cuando la unidad formada por “Nepas y almonacid” disponía de veintiocho vecinos, aunque para conocer datos individualizados de cada población tendremos que esperar al censo de Floridablanca (1785), cuando en Almonacid vivían 15 personas, 8 varones y 7 mujeres, 4 matrimonios, dos labradores y el resto sin especificar.

El Catastro del Marqués de la Ensenada también resulta muy útil para conocer detalles sobre Almonacid, sus habitantes y su estilo de vida. Según este documento confeccionado el 1 de diciembre de 1751, Almonacid era un lugar de la jurisdicción de Almazán y perteneciente al señorío del marqués de Almazán y conde de Altamira. Tenía unas dimensiones de un cuarto de legua de levante a poniente, otro tanto de norte a sur, y legua y media de circunferencia «que son otras tantas horas de camino por ser lo regular andarse legua por hora», y nos ofrece también alguna valiosa información sobre la localización de otro despoblado con el que limitaba al este, la granja Valdemora (véase). Cultivaban la tierra que les proporcionaba trigo, avena, cebada y hortalizas de regadío (berzas y lechugas); tenían prados y dehesa de secano que les daba hierba, y no disponían de árboles frutales pero sí de zonas de matorral para obtener leña, algunos sauces y olmos a las orillas de las acequias y en los humedales «que no dan utilidad alguna y solo sirven de adorno», pero no árboles de bellota. Criaban ganado ovino que les proveía de corderos y lana, abejas que producían cera y miel, además del ganado de tiro y carga como vacas, mulos, burros, caballos… La población de este lugar estaba compuesta por dos vecinos –los dos labradores- y “un habitante” que «se halla de santero en la ermita de Ntra. Señora de los Santos, sita en este término» y que vivía de las limosnas a cambio de cuidar de ella. Había tres casas habitables, “aunque la una no tiene morador” y otra contigua al mencionado Santuario de Nuestra Señora de los Santos, que es donde residiría el santero, así como cinco arruinadas.

Prácticamente un siglo después, Pascual Madoz (o.c.) escribió de Almonacid que contaba con dos vecinos, nueve habitantes, que antaño había dispuesto de varias edificaciones, entonces ya arruinadas, y que las que quedaban en su época eran de mala construcción y pequeñas, «escepto la que fue igl. que está reducida á casa, y es de mayor capacidad, siendo sus paredes y estribos de piedra sillería; asi como el arco de la puerta», añadiendo que sobre este arco «hay una piedra de tres cuartas de largo y dos de ancho, que ha tenido una inscripción, la que destruida por las aguas, no es posible comprender».

Parece que estos fueron sus años de mayor desarrollo demográfico, pues según la relación de municipios y lugares de la provincia de Soria y población de 1858, recogida por Carmelo Romero Salvador, Carmelo García Encabo y Margarita Caballero Domínguez (9), Almonacid era entonces una población con rango de “granja” del término municipal de Nepas, que tenía veinticuatro habitantes. En esos años (10), Almonacid estaba integrado en el partido médico de Nepas que incluía también a Nolay, Borjabad, Viana y Moñux, todos ellos «distantes de la matriz tres cuartos de hora el que mas de buen camino. Su dotación consiste en 43 fanegas de trigo común de buena especie, pagadas por los vecinos pudientes, y 40 escudos del presupuesto municipal por la asistencia de familias pobres, y casa libre para vivir. Dicho partido consta de 260 vecinos».

Manuel Blasco (11) también comenta que dejó de ser pueblo en el siglo XV para convertirse en despoblado primero y después en granja agregada a Nepas en 1836. En su obra nos ofrece otros detalles respecto a la iglesia al añadir que «fue trocada en vivienda de uno de los dos vecinos que reúne en la actualidad». Según el mismo autor “Solas sus dos fuentes, su pequeño monte de la Mata, sus sierras y su ermita dedicada a Ntra. Sra. de los Santos prosiguen suspirando la importancia perdida”, texto que repite idéntico en la edición de 1909 sin que, por tratarse del mismo escritor, podamos afirmar que sea plagio. No es el mismo caso del anónimo autor del Nomenclátor descriptivo Geográfico y Estadístico del obispado de Sigüenza publicado en 1886 (12), que no tuvo reparos en copiar casi íntegro y sin referenciar el texto de Almonacid recogido en el Diccionario de Madoz (1845-1850).

Desde entonces apenas disponemos de algunas noticias que nos dicen que en 1907 (13) era, total o parcialmente, propiedad del médico de Villasayas, y suponemos que no era el único propietario pues algunos años después, tras su fallecimiento en 1933, la prensa local (14) publicaba en el mismo día dos anuncios por palabras: en el primero un propietario de Almazán arrendaba para pastos de ganado lanar los que poseía en el término de Almonacid, y a continuación, en el segundo, el heredero del mencionado médico de Villasayas, residente en un pueblo de Albacete, ponía a la venta «la llamada Granja de Almonacid, de 300 hectáreas, yerma». Alejandro Garijo Muñoz (15), en un artículo del periódico Soria Semanal de 1990, apunta que fue en ese año de 1933 cuando la finca, de cuatrocientas seis hectáreas de extensión, fue comprada por los vecinos de Nepas por un total de noventa mil pesetas.